大学院生活⑤論文アクセプト

久々の投稿ですね、また更新が空いてしまいました。

ベッドフリーも後半年になってしまったのでなるべく記事を更新したいです。

この度、自身初の基礎英語論文がアクセプトされたので過程も含めて

記事にしたいと思います、やったー！！

first auther は僕の名前ですが、もちろん僕一人の力ではここまで来れなかったので

教授を初め、指導医、諸先輩の先輩の先生方には感謝してもしきれません。

と言ってもあまり真面目すぎる内容をブログに書いても面白くはないので

ある程度本音も含めて砕けて記事にしていきますね（笑）

ただ、余り詳細を書いてしまうと身バレしてしまいそうなので慎重に・・・

時間がたつと忘れてしまいそうなので備忘録もかねて

以前僕の記事で基礎論文全体の流れ、有用なハックを記事にしたと思いますが

今回は実験開始から実際にアクセプトされるまでの具体的な流れについて

書きたいと思います。

実はテーマ自体は大学院生になってから２つ与えられておりまして、今回アクセプトされたのは後で与えられた２個目のテーマになります。１個目も論文にして投稿しましたが、rejectされてしまいました・・・

内容を修正して再投稿するかまた上司と相談中です。

メイン以外のテーマを保険としてもらっておくのは大事ですね・・・

同時並行で進めたり２個のテーマを同時に作成するのは大変ですが

baseはほぼ同じ実験なのでむしろやりやすくはありました

ベッドフリーの学生生活自体は貴重な２年間ですが、論文がアクセプトされないと学位が取れないし学費と時間が無駄になってしまいますし・・・

今回２個目の方がアクセプトされたわけですが、２個目はベッドフリーになってから

実験開始しました。１個目はベッドありの時から着手しておりましたがこちらの方が

完成するのが遅かったですね・・・結果が微妙だったのもありますが

話がそれましたが具体的な流れを

①実験

　まずは実験しないとはじまりません

　本当に大事なのは実験の計画段階だったりするのですが手を動かさないと

　先に進まないのでここが臨床とは違うところですね

　僕の実験はvitro(試験管内）でラット培養細胞の薬剤に対して発現する遺伝子を調べ、

　vivo(生体）ではラットの実際の臓器での薬剤の反応性を調べます。

　vitroは細胞の培養が１か月程度かかり、遺伝子発現はリアルタイムPCRで調べました

　細胞は最初はコンタミしたりして大変でしたねー

　PCRも結果がそろわなくて何回やり直したか分かりません（笑）

　培養は今でも苦手なままですが、PCRはだいぶ慣れて当直中とかに１日で８回

　回したりしてましたねー　作業に慣れてくると後は体力勝負です（笑）

　vivoは結構大変で、臓器損傷→薬剤投与→臓器摘出で２－３か月そもそもかかるので

　実験開始が遅れるとそもそも計画がずれ込んでしまいます

　僕はベッドフリー１年目（大学院２年目）秋頃から初めて最終的にvivoを初めてから　

　１年で論文アクセプトなので、結局長くかかった感じはありますね

　臓器摘出した後はプレパラート作成、染色です。

②データ解析

　検体がそろったがvitroもvivoもデータ解析が必要です。

　おそらく論文として世に出るにはここが一番重要で、皆さん頭を悩ませておられる

　ところかと思います。今回アクセプトされた２個目のテーマの方は

　比較的データも有意差がつくいい結果が出て、vitroとvivoのデータの乖離も少なかっ　

　たので考察も比較的シンプルにいけました。

　ただ、そうはいってもこれはあまり大きな声では言えませんが、データ改ざんでは

　ないですが有意差を出すためにダメなデータを廃棄したり変えたりして、

　何回か解析を繰り返しました。統計も使う手法によって少し結果が違っていたりも

　するのでより有意差がでる手法を選んだりもしました（本当はNの数、正規分布に

　従っているかどうかで手法を選んだりはできないのですが、あまりうるさくは

　いわれない雑誌なので運がよかったです・・臨床ではないですがNEJMなどでは

　統計手法についても厳密ということなので無理ですね）

　後、main figureがあれば説得力がかなり増えるので染色もかなり気合を入れて

　やり直しもしました。

　まあ当たり前なんですが、論文がアクセプトされるかどうかは新規性がないと

　いけないので、negative dataでもいいことはいいんですが、positiveに越した

　事はないですよね　特に医学論文は臨床応用前提にする実験がほとんどなので

③論文作成

　これは全体的な流れは前回記事にしたので省略しますね

　年明けから論文作成初めて結局アクセプトまで半年以上かかりました。

　英語で文章作成自体が慣れなかったのもありますが、ある程度形になるまでに

　もかなり時間がかかり、形になってからも指導医の先生とのやり取りで

　完成までにさらに1－2か月程度はかかりました。

　ただ、ここでかなり苦労したので論文作成の流れ自体は体に染みついて

　英語（読むの限定ですが（笑））アレルギーはかなり少なくなりました

　話すのは無理です・・・

④投稿～アクセプトまで

　論文が完成したら、いよいよ投稿です。

　ここまでも長いですが、ここからが本番と言われています。

　とういのはほとんど投稿ですぐにアクセプトという事はなく、

　一流紙ではほとんどreject、よくてもrevisionでmajourが多いみたいですね

　僕はreviewerの当たりがよかったのか幸いminer revisionで帰ってきて

　返事から２週間程度でアクセプトされました。７～8月頃に投稿したので

　結局２か月かかっていますね。これでもかなり順調なので、臨床で論文を

　書いている先生方はどうやって時間を作っているのか本当に不思議で

　頭が下がります。

一応僕の出した論文はランクでいうとＢランク（ＮＥＪＭ、ＢＭＪなど一流紙が　

Ｓランクとすると）でminer 領域ですが一流紙ではあるので非常にうれしいです。

無事アクセプトされましたが、アクセプト率は10％程度みたいなのでデータが

よくてreviewerの当たりの運もよくてよかったですね。。。

年末年始も12/30-1/1以外はずっと研究の仕事をしていたので苦労が報われた

感じはありますが、もう１個の論文もあるので気を緩めず頑張りたいですね・・・

ただ、学位はとれるので保険ができて少しほっとしています。

何か自分にご褒美でも買いましょうかね（笑）

久々にゲームでも　スイッチでポケモンでも買いましょうか（笑）

読んでくれてありがとうございます、また研究については細かい

内容について記事にしましょうかねー

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